Фонд «Вольное Дело» поддерживает фундаментальные и прикладные научные исследования, выдаёт гранты талантливым студентам и учёным, ставя перед собой задачу сохранить в стране перспективные научные кадры. С 2009 года лет фонд проводит конкурс студентов, аспирантов и молодых учёных МГУ. Ежегодно конкурс принимает к рассмотрению около 250 работ в области математики, механики и информатики; физики, химии и наук о материалах; биологии и медицинских наук, наук о Земле, инфокоммуникационных технологий и вычислительных систем, а также фундаментальных основ инженерных наук. 

В конкурсе участвуют учёные до 35 лет. Премии присуждаются за работы, содержащие конкретные научные результаты и способствующие развитию фундаментальной науки и образования. Конкурс проводится по двум номинациям: опубликованные научные работы и концепции научно-исследовательских проектов прикладной направленности. Работы оценивает независимое жюри, размер премии — 150 тыс. рублей.

В 2016 году Олегом Дерипаской был учреждён фонд развития теоретической физики и математики «Базис». Его задачи — трансформация отечественной научной среды, создание карьерных перспектив для учёных, развитие российской школы физики и математики. Фонд выделяет гранты на исследования и участие в международных научных программах, а также стипендии для студентов и гранты для преподавателей физического и механико-математического факультетов МГУ.

С 2017 года при поддержке «Базиса» проходит специальное мероприятие «Летняя школа», где студенты, аспиранты и молодые учёные могут обменяться идеями и обсудить актуальные научные достижения. Программа «Летней школы» включает доклады и лекции ведущих российских и зарубежные ученых. Лучшие лекции публикуются на YouTube-канале фонда, где собрано уже больше ста записей.

Фонд также поддерживает научно-популярный сайт «Элементы большой науки» (www.elementy.ru), понятным языком рассказывающий о фундаментальной науке. Сайт публикует научные новости, продвигает научно-популярную литературу и периодику, в его видеотеке — 330 лекций.

Фонд «Вольное Дело» поддерживает одну из крупнейших в мире международных конференций, посвященных развитию ядерной физики «Ядро». Ежегодно ученые со всего мира представляют на конференции в МГУ им. Ломоносова самые современные разработки в сфере ядерной физики.