Фонд «Вольное Дело» поддерживает фундаментальные и прикладные научные исследования, выделяет гранты учёным и студентам. Цель этой работы — сохранять и развивать научный потенциал страны, создавать условия для профессионального роста талантливых учёных и воплощения перспективных идей в практические разработки.
С 2009 года фонд проводит конкурс научных работ студентов, аспирантов и молодых учёных МГУ. Ежегодно на него поступает около 250 исследований в области математики, физики, химии, биологии, медицинских наук, наук о Земле, информационных технологий и фундаментальных основ инженерии.
В конкурсе участвуют учёные до 35 лет. Премии присуждаются за работы, содержащие конкретные научные результаты и способствующие развитию фундаментальной науки и образования. Предусмотрены две номинации: опубликованные научные работы и проекты прикладных научных исследований. Победителей определяет независимое жюри, размер премии — 150 тыс. рублей.

В 2016 году Олег Дерипаска учредил фонд развития теоретической физики и математики «Базис». Его задачи — развитие российской школы физики и математики, поддержка нового поколения исследователей и расширение возможностей для академической карьеры. Фонд финансирует научные проекты и участие в международных научных программах, выплачивает стипендии студентам и предоставляет гранты преподавателям физического и механико-математического факультетов МГУ.
С 2017 года при поддержке «Базиса» ежегодно проходит «Летняя школа», которая объединяет учёных, аспирантов и студентов для обсуждения последних достижений науки. В программе — интенсивные курсы лекций по современным направлениям физики и математики, обмен идеями и совместный поиск решений актуальных научных задач.

Совместно с преподавателями и студентами МГУ фонд «Вольное Дело» развивает онлайн-лекторий Teach-In. На платформе в открытом доступе представлены 540 авторских курсов и образовательных программ Московского университета, охватывающих широкий круг научных дисциплин.
При поддержке Олега Дерипаска в МГУ открыт факультет искусственного интеллекта. Первый набор студентов состоялся в 2026 году, а конкурс достиг 100 человек на место. Студенты факультета изучают фундаментальную математику, машинное обучение и программирование, учатся создавать собственные модели и алгоритмы ИИ. Среди преподавателей — молодые исследователи института AIRI, специалисты Яндекса и Сбера. Особое внимание уделяется применению искусственного интеллекта в медицине, генетике и компьютерном зрении.

Фонд «Вольное Дело» создал под Геленджиком детский научный лагерь «Лобачевский», где талантливые школьники со всей России получают первый опыт самостоятельной исследовательской работы. Под руководством учёных и преподавателей МГУ они изучают морскую биологию, наблюдают за обитателями Чёрного моря, проводят полевые эксперименты и осваивают биоинформатику. Занятия наукой сочетаются с отдыхом на побережье, спортом и творчеством.
На юге Сахалина фонд строит биостанцию «Анива» — современный научный центр для изучения природы острова. Здесь биологи исследуют морские и наземные экосистемы: от микроорганизмов и водорослей до редких птиц и морских млекопитающих. Биостанция оснащена лабораториями, обсерваториями и оборудованием для подводных исследований. В перспективе «Анива» станет центром междисциплинарных исследований, студенческой практики, научного и экологического туризма.

Фонд также участвует в строительстве кампусов мирового уровня в МГУ и Иркутске. Новый кампус МГУ площадью почти 450 тыс. кв. метров объединит лаборатории, исследовательские центры и учебные корпуса, расширив возможности для подготовки специалистов и международного научного сотрудничества. В Иркутске проект охватит три университета — ИрНИТУ, ИГУ и БГУ. Здесь будут готовить кадры для цифровой инфраструктуры Сибири, заниматься интеллектуальной энергетикой, облачными вычислениями и водородными технологиями. На создание кампусов фонд направит 7,5 млрд рублей.